2D QSAR АНАЛIЗ ПРОНИКАЮЧОЇ ЗДАТНОСТІ ОРГАНIЧНИХ СПОЛУК ВIДНОСНО ПОВЕРХНI ГЕМАТОЕНЦЕФАЛIЧНОГО БАР’ЄРУ

Автор(и)

  • Г. П. Косінська Одеський національний медичний університет; Фізико-хімічний інститут ім. О. В. Богатського НАН України, Україна
  • Л. М. Огнiченко Фізико-хімічний інститут ім. О. В. Богатського НАН України, Україна
  • Т. А. Сідельникова Одеський національний медичний університет, Україна
  • Я. Ф. Бурдіна Одеський національний медичний університет, Україна
  • А. О. Ширикалова Одеський національний медичний університет, Україна
  • Г. Ф. Степанов Одеський національний медичний університет, Україна
  • А. В. Грекова Одеський національний медичний університет, Україна
  • І. Р. Грідіна Одеський національний медичний університет, Україна
  • О. П. Лебідь Одеський національний медичний університет, Україна
  • В. Є. Кузьмін Фізико-хімічний інститут ім. О. В. Богатського НАН України, Україна

DOI:

https://doi.org/10.18524/2304-0947.2022.3(83).268607

Ключові слова:

Гематоенцефалічний бар’єр (ГЕБ), QSАR, симплексний підхід, RF, PLS

Анотація

Побудовано адекватні QSAR моделі «структура – показник проникнення речовин через гематоенцефалічний бар’єр (ГЕБ) LogPS» для  органічних сполук різних класів. Проведено структурну та фізико-хімічну інтерпретацію  моделей. Виявлено, що проникнення речовин через ГЕБ в значній мірі обумовлено гідрофобним чинником (30%). Визначено деякі фрагменти  молекул, що сприяють або перешкоджають  проникненню речовин через ГЕБ.

Посилання

Pardridge W. M. Blood-Brain Barrier delivery. Drug Discovery Today, 2007, vol. 12, no 1–2, pp. 54–61. http://doi.org/10.1016/j.drudis.2006.10.013

Dagenais C., Avdeef A., Tsinman O., Dudley A. P-Glycoprotein Deficient Mouse in situ Blood-Brain Barrier Permeability and its Prediction using an in combo PAMPA Model. Eur. J. Pharm. Sci., 2009, vol. 38, no 2, pp. 121–137. http://doi.org/10.1016/j.ejps.2009.06.009

Murakami H., Takanaga H., Matsuo H., Ohtani H., Sawada Y. Comparison of blood-brain barrier permeability in mice and rats using in situ brain perfusion technique. Am. J. Phys. Heart Circ. Physiol., 2000, pp. 1022–1029. http://doi.org/10.1152/ajpheart.2000.279.3.H1022

Lanevskij K., Japertas P., Didziapetris R., Petrauskas A. Ionization-Specific prediction of Blood-Brain Permeability. J. Pharm. Sci., 2009, vol. 98, no 1, pp. 122–134. http://doi.org/10.1002/jps.21405

Suenderhauf C., Hammann F., Huwyler J. Computational Prediction of Blood-Brain Barrier Permeability Using Decision Tree Induction Huwyler. Mol., 2012, vol. 17, no 9, pp. 10429–10445. http://doi.org/10.3390/molecules170910429

Kuz’min V.E., Artemenko A. G., Muratov E. N., Polischuk P. G., Ognichenko L. N., Liahovsky A. V., Hromov A. I., Varlamova E. V. Virtual screening and molecular design based on hierarchical QSAR technology. In: Recent Advances in QSAR Studies. Eds. Puzyn T, Leszczynski J, Cronin M., London, Springer, 2010, pp. 127–176. http://doi.org/10.1007/978–1–4020–9783–6_5

Kuz’min V., Artemenko A., Ognichenko L., Hromov A., Kosinskaya A., Stelmakh S., Sessions Z., Muratov E. Simplex representation of molecular structure as universal QSAR/QSPR tool. J. Struct. Chem., 2021, vol. 32, pp. 1365–1392. http://doi.org/10.1007/s11224–021–01793-z

Rannar S., Lindgren F., Geladi P., Wold S. A PLS kernel algorithm for data sets with many variables and fewer objects. Part 1: Theory and algorithm. J. Chemom., 1994, vol. 8, no 2, pp. 111–125. http://doi.org/10.1002/cem.1180090604

Breiman L. Random Forests. Machine Learning, 2001, vol. 45, pp. 5–32. http://doi.org/10.1023/А:1010933404324

Gramatica P. Principles of QSAR models validation: internal and external. QSAR Comb. Sci., 2007, vol. 26, no 5, pp. 694–701. http://doi.org/10.1002/qsar.200610151

Meloun M., Militku J., Hill M. Crucial problems in regression modelling and their solutions. Analyst, 2002, vol. 127, pp. 433–450. http://doi.org/10.1039/b110779h

Polischuk P.G., Muratov E. N., Artemenko A. G., Kolumbin O. G., Muratov N. N., Kuz’min V. E. Application of Random Forest method to QSAR prediction of aquatic toxicity. J. Chem. Inf. Mod., 2009, vol. 49, no 11, pp. 2481–2488. http://doi.org/10.1021/ci900203n

##submission.downloads##

Опубліковано

2023-01-19

Як цитувати

Косінська, Г. П., Огнiченко Л. М., Сідельникова, Т. А., Бурдіна, Я. Ф., Ширикалова, А. О., Степанов, Г. Ф., Грекова, А. В., Грідіна, І. Р., Лебідь, О. П., & Кузьмін, В. Є. (2023). 2D QSAR АНАЛIЗ ПРОНИКАЮЧОЇ ЗДАТНОСТІ ОРГАНIЧНИХ СПОЛУК ВIДНОСНО ПОВЕРХНI ГЕМАТОЕНЦЕФАЛIЧНОГО БАР’ЄРУ. Вісник Одеського національного університету. Хімія, 27(3(83), 13–20. https://doi.org/10.18524/2304-0947.2022.3(83).268607

Номер

Том 27 № 3(83) (2022)

Розділ

Статті

Ліцензія

Creative Commons License

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Правовласниками опублікованого матеріалу являються авторський колектив та засновник журналу на умовах, що визначаються видавничою угодою, що укладається між редакційною колегією та авторами публікацій. Ніяка частина опублікованого матеріалу не може бути відтворена без попереднього повідомлення та дозволу автора.

Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.